「クンカクンカ」 とは、匂いを嗅ぐ時の擬態語、音喩のひとつです。
一般には 「クンクン」 なんてのがよく使われますが、それを強調したような意味になります。 また 「クンクン」 に比べ、しばしば性的な意味をより強く持っているケースも多く、例えば 「女子高生の黒髪をクンカクンカしたい」 なんて感じで使います。
語源や発祥ははっきりしませんが、広く使われている一般的な擬態語の一部を崩したりアレンジしたりして使うのは、漫画の世界では非常によくあります。 例えば静かな状態、静寂を表す擬態語として 「シーン」 を使い始めたのは漫画の世界でしたし(手塚治虫先生が最初との説もあります)、感動したり感銘を受けたときの擬態語 「ジーン」を生み出したのも漫画です。 これらはいずれも後に書き言葉、日常会話の慣用句として広がり、今では小説などでも「シーンとしている」「ジーンとくる」 なんて使われるようになっています。